Nastavni plan i program poslediplomskog magistarskog studija, te organizaciju toga studija i konkursne uslove za upis na postdiplomski studij, utvrđuje Vijeće Fakulteta.

Na postdiplomski magistarski studij mogu se upisati kandidati koji su završili neki od Fakulteta ekonomskog smjera (Ekonomski, Fakultet za menadžment, Fakultet za biznis, itd.) ako imaju najmanje prosjek ocjena osam u redovnom četvorogodišnjem studiju.

Kandidati koji nemaju prosječnu ocjenu osam u četvorogodišnjem studiju mogu se upisati na postdiplomski studij na Ekonomskom fakultetu ako polože kvalifikacioni ispit koji se polaže pred Komisijom koju je imenovalo Vijeće Fakulteta.

Kandidati koji nisu završili odgovarajući fakultet mogu se upisati na postdiplomski studij ako polože dopunske ispite.Kandidat koji je upisao postdilomski studij na Ekonomskom fakultetu dužan je za 4 godine završiti studij. U izuzetnim slučajevim Vijeće Fakulteta može odobriti produžetak studija.

Vijeće Fakulteta odobrava temu magistarske teze i utvrđuje mentora za  njenu izradu kandidatu koji je ispunio sve obaveze predviđene Statutom Univerziteta u Istočnom Sarajevu. Kada završi magistarsku tezu kandidat je predaje Fakultetu u propisanom broju primjeraka. Vijeće Fakulteta imenuje Komisiju za ocjenu završene magistarske radnje. Izvještaj te Komisije usvaja Vijeće Fakulteta koje i obrazuje Komisiju. Datum i mjesto odbrane magistarske teze javno se objavljuje u sredstvima javnog informisanja. Nakon odbrane magistarske teze kandidat stiče naučni stepen magistra ekonomskih nauka.

Na posdiplomski magistarski studij mogu se upisati i strani državljani pod istim uslovima pod kojima se upisuju i državljani  BiH (RS i FBIH), Srbije i Crne Gore.

Nastava na postdiplomskom magistarskom studiju se po pravilu izvodi na srpskom jeziku.

Naučni stepen magistra ekonomskih nauka može biti oduzet ukoliko se utvrdi da je magistarski rad plagijat i da nije rezultat samostalnog rada.

Magistar ekonomskih nauka može prijaviti i doktorsku tezu pod uslovom da je objavio najmanje dva naučna rada u naučnim časopisima ili zbornicima.